Au cours du Ier millénaire av. n. è., l’agriculture et la riziculture inondée sont introduites depuis le continent, avec la culture dite Yayoi. De petites chefferies apparaissent entre le Ier et le IIIe siècle, pour certaines en lien avec la Chine à qui elles livrent un tribut. Les princes se procurent du fer en Corée et envoient des armées combattre en soutien de l’un ou l’autre des souverains chinois des Trois Royaumes (220-280). Ces chefferies gagnent en importance au cours des IVe et Ve siècles, notamment dans le Kinai où les princes se font construire des tombeaux gigantesques, en forme de trou de serrure, les kofun. Aux Ve-VIe siècles, l’archipel passe sous le contrôle de la monarchie du Yamato née dans le Kinai. Le bouddhisme est introduit de Corée en 532.