Dans la vice-royauté du Pérou, à la fin du XVIe siècle, près de 1,5 million d'Indiens sont rassemblés dans un millier de villages étroitement contrôlés par le clergé. L'objectif de ces « réductions » impulsées par la Couronne : les évangéliser mais aussi les « civiliser ».

A la fin du XVe siècle, avec l'achèvement de la conquête de Madère et des Canaries et le début de celle des Caraïbes, apparaît l'idée que le climat peut être transformé par le déboisement. La colonisation est interprétée comme une modification profonde du couvert végétal et donc du cycle de l'eau qui règle pluies et sécheresses.

Dès le XVIe siècle, des unions se sont nouées entre conquistadors et princesses indiennes. Métis, mulâtres et autres sang-mêlé se sont ensuite multipliés. Bouleversant profondément la hiérarchie de la société coloniale.